В тихом английском городке Биссоп-Эбботс, где туманные утра обволакивают булыжные мостовые, а шёпот стариков разносится по улочкам, как эхо давно забытых времён, живёт одиннадцатилетний Флавия де Люс девочка с лицом ангела и умом, способным разгадать любую загадку. Её не пугают мрачные подвалы, где пахнет плесенью и тайнами, не смущают запутанные улики, оставленные преступниками с кривыми руками и кривыми душами. Флавия это не просто юный детектив, это маленькая леди, вооружённая химическими реактивами, книгой по токсикологии и бездонным любопытством, которое способно вывести на свет даже самые тёмные секреты.

Её дом, старинный особняк с потрескавшимися фресками и скрипучими половицами, хранит больше тайн, чем старые библиотеки. Мать Флавии давно покинула этот мир, а отец, бывший полковник, предпочитает молчание разговорам. Зато у девочки есть три старшие сестры Офелия, Дафна и Фелисити, каждая из которых по-своему пытается удержать Флавию от её опасных увлечений. Но Флавия не из тех, кто слушает советы. Она предпочитает бродить по ночам с фонарём в руке, вынюхивать подозрительные запахи, как охотничья собака, и ловить малейшие намёки, которые другие просто не замечают. Её лаборатория это не просто комната с пробирками, а поле битвы, где она сражается с неведомым, вооружившись знаниями и недетской настойчивостью.

Однажды в Биссоп-Эбботс приезжает таинственный незнакомец, и вскоре его находят мёртвым в церкви Святого Танкреда. Полиция в замешательстве нет ни следов борьбы, ни орудия убийства, лишь странный запах миндаля, витающий в воздухе. Но Флавия замечает то, что ускользнуло от всех: крошечный осколок стекла в руке покойного, едва заметные пятна на церковной скамье и рецепт яда, спрятанный в старой Библии. Она понимает, что столкнулась с убийцей, который не оставил ни единой улики, кроме химического следа. И теперь ей предстоит распутать клубок лжи, в котором замешаны местный аптекарь, ревнивая вдова и даже её собственная сестра.

Флавия не боится рисковать. Она крадётся по тёмным коридорам, подслушивает разговоры за закрытыми дверями и проводит ночи в разгадывании шифров, оставленных преступником. Её методы могут показаться безрассудными, но именно они делают её такой неуловимой. Она не ищет славы ей просто хочется докопаться до истины, даже если это означает столкнуться с опасностью лицом к лицу. Ведь в этом городе, где каждый дом хранит свою тайну, Флавия де Люс единственная, кто способна разглядеть свет в кромешной тьме.

И когда на её пороге появляется новый труп, а подозрения падают на ни в чём не повинного человека, Флавия понимает: время действовать настало. Она достаёт свои реактивы, надевает перчатки и отправляется в самое сердце загадки, где правда так же горька, как яд, и так же неотвратима, как судьба.